Шишковидное тело, или эпифиз мозга, часть промежуточного мозга (эпиталамуса) также выполняет эндокринные функции. Эпифиз располагается в борозде между верхними холмиками четверохолмия среднего мозга. Его масса около 0,2 г.
Эпифиз выделяет гормон мелатонин, тормозящий действие гонадотропных гормонов. Секреция эпифиза изменяется в зависимости от освещенности: свет угнетает синтез мелатонина. Воздействие света реализуется при участии гипоталамуса.